Os seguintes projetos de pesquisas estão ativos no programa e podem compreender mais de uma linha de pesquisa:

1. A coloração em animais: novos e velhos custos e formas alternativas de minimizá-los.
2. Adaptações funcionais de espécies vegetais.
3. AQUARIPÁRIA: processos ecológicos em zonas ripárias e restauração ecológica.
4. Árvores e regeneração natural em pastagens no bioma Cerrado.
5. Bioacústica aplicada à monitoração da fauna do Cerrado.
6. Biodiversidade e manejo de insetos em ecossistemas antropizados e naturais.
7. Biodiversidade e mudanças climáticas no Arco do Desmatamento da Amazônia Brasileira.
8. Caracterização, diversificação e conservação da herpetofauna do Cerrado.
9. Coloração e uso de habitat no nível das comunidades e populações: correlações e possíveis relações de custo-benefício no Cerrado.
10. Como o regime de fogo altera a estrutura e a diversidade da vegetação lenhosa do Cerrado?
11. Comportamento e Conservação de Animais.
12. Comportamento e reprodução em animais.
13. Considerando o nexo entre segurança hídrica, energética e alimentar e as comunidades tradicionais: uma abordagem integrada para o Cerrado.
14. Desenvolvimento e aperfeiçoamento de metodologias baseadas em marcadores moleculares e isótopos estáveis aplicáveis no combate aos crimes contra a fauna brasileira.
15. Diversidade e estrutura genética, traços funcionais e distribuição de espécies de Veredas. O código florestal garante a proteção desta comunidade de plantas?
16. Drosofilídeos como ferramenta na Biologia da Conservação.
17. Ecologia de Coleoptera (Scarabaeoidea) e serviços ecossistêmicos.
18. Ecologia de gramíneas invasoras.
19. Ecologia de mamíferos e serviços ambientais.
20. Ecologia do fogo no Cerrado.
21. Ecologia do Movimento aplicada à conservação da fauna Cerrado.
22. Ecologia, comportamento e conservação de mamíferos.
23. Efeitos do fogo sobre mamíferos e suas interações ecológicas no Cerrado do Brasil Central.
24. Efeitos do manejo, extrativismo e uso da terra na conservação e uso sustentável da biodiversidade.
25. Efeitos naturais e antrópicos da fragmentação em assembleias de peixes de riachos.
26. Impacto de espécies invasoras em comunidades biológicas.
27. Impactos ambientais provocados pela agropecuária em recursos hídricos no Centro-Oeste brasileiro e utilização de bioindicadores ambientais.
28. Impactos antrópicos sobre mamíferos.
29. Impactos de eutrofização em redes de interações ecológicas sob e sobre o solo em uma área de cerrado sentido restrito no Distrito Federal.
30. INCT - Ecologia, Evolução e Conservação da Biodiversidade.
31. INCT Mudanças Climáticas Fase 2.
32. Indicadores biológicos e ambientais de impactos antrópicos em recursos hídricos urbanos e rurais no Distrito Federal.
33. Influência do uso e ocupação do solo e das zonas ripárias nos aspectos físicos, químicos e biológicos em uma planície de inundação neotropical.
34. Macroecologia e biogeografia de peixes: explicando padrões do passado, do presente e do futuro da biodiversidade aquática.
35. Padrões de história de vida e lacunas de conhecimento de aves do novo mundo.
36. Paisagens multi-isotópicas do Brasil Central.
37. PELD - Cerrados do Planalto Central: estrutura, dinâmica e processos ecológicos.
38. Poluição sonora e luminosa como impactos antrópicos negligenciados em unidades de conservação do Cerrado.
39. Pressões seletivas nos comportamentos de corte e acasalamento em aves Neotropicais.
40. Rede Brasileira de Pesquisas sobre Mudanças Climáticas Globais - Rede CLIMA.
41. Restauração ecológica no Cerrado.
42. Restoring Neotropical dry ecosystems - is plant functional composition the key to success?
43. Técnicas alternativas de plantio de árvores de valor econômico do Cerrado: pesquisa para diminuir custos e agregar valor à áreas restauradas.
44. Tolerância a estresses em plantas tropicais.
45. Usos e Efeitos do Fogo na Vegetação no Território Quilombola Kalunga e Parque Nacional da Chapada dos Veadeiros.