O Programa de Pós-Graduação em Ecologia da Universidade de Brasília teve seu início em 1976 com a criação do Mestrado Acadêmico, que foi credenciado pelo Conselho Federal de Educação em 1982. O Doutorado foi aprovado pelo Conselho Universitário da UnB em setembro de 1992 e pelo Grupo Técnico Consultivo da CAPES (GTC/CAPES), em dezembro de 1993.

As teses e dissertações desenvolvidas no Programa são bastante diversas, mas a maioria tem como foco principal o Bioma Cerrado.

O Programa de Pós-Graduação em Ecologia está classificado como nível 6 na CAPES, fazendo parte do Programa de Excelência - PROEX/CAPES.