O Programa de Pós-Graduação em Ecologia é classificado pela CAPES como sendo um curso de excelência nível 6. Anualmente a CAPES disponibiliza recursos de custeio e capital para a manutenção do Programa.
Além dos recursos financeiros, o PPGECL conta também com cotas de bolsas de mestrado e doutorado fornecidas pela CAPES e pelo CNPq. Atualmente o Programa possui os seguintes números de bolsas:
| Mestrado | Doutorado | Total | |
| CAPES | 13 | 27 | 40 |
| CNPq | 15 | 16 | 31 |
| Total | 28 | 43 | 71 |
Recursos adicionais, de custeio e capital, são obtidos pelos docentes por editais regulares ou esporádicos, tais como:
- CAPES Pro Equipamentos
- FAPDF (demanda espontânea, apoio a visitas técnicas e participação em eventos, dentre outros)
- CNPq (bolsas no país, bolsas de visitantes, demanda espontênea (Edital Universal), PPBio, SISBIOTA, PROCAD)
